湛江准确qPCR仪应用

时间:2023年06月09日 来源:

dPCR比qPCR准确度与精密度高。qPCR的效率会受到很多因素影响。例如:试剂保存不当导致部分样本降解、标准曲线偏斜导致CT值受到影响。dPCR 将样本分成若干小的 PCR 反应分区,可实现单分子检测,避免模板间的竞争效应的影响,可提高目的序列的检测准确度。由于dPCR较少受到扩增效率的影响,因此具有更高的准确度与精密度。qPCR面对小的差异较弱,dPCR则可识别差异较小的拷贝数。dPCR比qPCR重复性和通用性高。qPCR只能实现相对定量,即必须使用标准品生成标准曲线,才能进行定量。dPCR是定量,不需要利用标准品绘制标准曲线,也不依赖荧光信号到达设定阈值时所经历的循环数,直接计算样品中目的核酸分子的个数,可实现定量,重复性和通用性高 。因此dPCR可用于常规qPCR所需的标准品定量,具有计量学意义 。PCR反应需要五种关键试剂:PCR模板、DNA聚合酶、引物、脱氧核苷酸三磷酸(dNTPs)、PCR缓冲液。湛江准确qPCR仪应用

定量方法包括相对定量和定量,两者的重要差异在于相对定量的结果是差异性的结果,涉及比较;而定量的结果是一个具体数值,对于基因表达量而言是基因的拷贝数,不涉及任何比较。相对定量首先需要确定一个内参基因,内参基因作用有检测样本材料中RNA是否降解、纠正样本加样的差异、校正cDNA合成速率差异及校正PCR抑制剂的影响,其本质作用是利用内参基因的Ct值对目的基因的Ct值进行均一化处理,常用的内参基因包括DH、β-actin、18S rRNA,使用的时候需要注意其序列必须是物种本身的特异序列,虽然其比较保守,但不同物种也会存在碱基差别。另外,相对定量需要确定参照物,因为涉及比较,参照物选择不同,所得的定量结果可能完全相反,经常选择的参照物一般是对照组或未处理组。湛江准确qPCR仪应用Real-timePCR是在PCR扩增过程中,通过荧光信号,对PCR进程进行实时检测。

染色质片段化——DN段化:细胞核材料片段化是获得良好的ChIP 分辨率的关键因素,理想情况下的片段大小在 200 到 800 bp对之间。剪切是难控制的步骤之一。通过超声处理和/或核酸酶/酶促消化可以实现剪切,各有利弊。超声处理需要大量的手动操作时间,但非常适合难以裂解的细胞;酶促消化不需要手动操作,适用于大量样品的处理,但其剪切位点不是随机的。两种方法都需要根据具体细胞系进行优化。注意:此时可以停止ChIP。经过剪切/消化染色质后,可以将样品于-80°C储存。避免反复冻融。

qPCR技术的本质是PCR技术,在扩增的每个循环中模板DNA通过变性、复性、延伸三个阶段形成更多数量的子代DNA,为下一个循环提供模板DNA。在每个循环结束后,仪器会激发荧光物质并检测一次荧光信号,那么每一个循环都会对应一个荧光信号值,将所有荧光信号值用光滑的曲线进行连接起来,便是 qPCR扩增曲线。如图所示,根据qPCR扩增曲线整体趋势,整个扩增过程主要分为四个时期,分别是基线期、指数增长期、线性增长期和平台期。在基线期和平台期,荧光信号均维持水平状态,均不适用于对初始模板进行定量分析。在线性增长期,虽然扩增反应仍在进行,但随着反应产物的积累,PCR反应受到明显抑制导致扩增效率不断降低,此时产物不再以指数形式增长,同样不适用于定量分析初始模板量。实时荧光定量PCR(QPCR):一般用于检测样品中目的基因的表达量。

SYBR Green I染料法实时定量PCR反应在带透明盖的塑料小管中进行,激发光可以直接透过管盖,激发荧光探针。荧光探针事先混合在PCR反应液中,只有与DNA结合后,才能够被激发出荧光。随着新合成目的DN段的增加,结合到DNA上的荧光探针增加,被激发产生的荧光也相应增加。简单的DNA结合的荧光探针是非序列特异性的,以非饱和染料中常用的SYBR GreenI染料为例,这种荧光染料激发光波长520 nm,只能与双链DNA结合,与DNA双链结合时,荧光强度出现明显增大的非特异性染料。每形成一条DNA双链,就有相应数量的SYBR Green I染料嵌入并产生荧光,因此荧光信号强度变化与PCR产物浓度变化呈正相关,原理如图2所示。耀海在进行质粒拷贝数测定时采用qPCR染料法,即大肠杆菌克隆表达得到的质粒DNA,其菌种质粒拷贝数的测定采用荧光定量PCR法。以质粒中卡那霉素抗性基因序列为靶标基因设计扩增引物,建立基于SYBR的qPCR检测方法,用于某大肠杆菌菌种中质粒拷贝数的检测。Quantagene q225系列qPCR 43分钟完成实验,加3分钟做完熔解曲线只需43分钟即可完成40循环的常规qpcr实验。上海厂家qPCR仪仪器

qPCR在原有PCR基础上与荧光检测方法结合,实现了PCR从定性到定量的飞跃,具有灵敏度高、特异性强的优点。湛江准确qPCR仪应用

内标在传统定量中的作用:由于传统定量方法都是终点检测,即PCR到达平台期后进行检测,而PCR经过对数期扩增到达平台期时,检测重现性极差。同一个模板在96孔PCR仪上做96次重复实验,所得结果有很大差异,因此无法直接从终点产物量推算出起始模板量。加入内标后,可部分消除终产物定量所造成的不准确性。但即使如此,传统的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。3.内标对定量PCR的影响:若在待测样品中加入已知起始拷贝数的内标,则PCR反应变为双重PCR,双重PCR反应中存在两种模板之间的干扰和竞争,尤其当两种模板的起始拷贝数相差比较大时,这种竞争会表现得更为***。但由于待测样品的起始拷贝数是未知的,所以无法加入合适数量的已知模板作为内标。也正是这个原因,传统定量方法虽然加入内标,但仍然只是一种半定量的方法。湛江准确qPCR仪应用

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