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保税仓储的货物报关程序可以分为进库报关和出库报关
①货物在保税仓库所在地进区前，由发货人或其代理人办理出口报关手续，海关进区现场放行后存入保税仓库，也称（视同）出口报关。
②货物在保税仓库所在地以外其他口岸入境时，经海关批准，保税仓库作为收货人按照转关运输的报关程序办理手续后存入保税仓库的，也称转关报关。
保税仓储货物出库报关有：
进口报关和出境报关两种情况，保税仓储货物出库进口报关根据情况可以逐一进口报关，也可以集中进口报关。
进口报关是指保税仓储货物出库进口至国内的报关，大致有三种情况：
①保税仓储货物出库用于加工贸易的，由加工贸易企业或其代理人按加工贸易货物的报关程序办理进口报关手续。
②保税仓储货物出库用于可以享受特定减免税的特定地区、特定企业各特定用途的，由享受特定减免税的企业或其代理人按特定减免税货物的报关程序办理进口报关手续。
③保税仓储货物出库进入国内市场或使用于境内其他方面，由收货人或其代理人按一般进口货物的报关程序办理进口报关手续。
监管区域保税仓库之间的转关货物，目前通过金关二期保税仓储系统操作时，是不需要进行报关的。
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传统的保税仓储业是以收保管费为商业模式的，希望自己的保税仓库总是满满的，这种模式与物流的宗旨背道而驰。现代物流以整合流程、协调上下游为己任，静态库存越少越好，其商业模式也建立在物流总成本的考核之上。由于这两类保税仓储管理在商业模式上有着本质区别，但是在具体操作上如入库、出库、分拣、理货等又很难区别，所以在分析研究必须注意它们的异同之处，这些异同也会体现在信息系统的结构上。
保税仓储未来发展可能是：
1、保税仓储资源的深度整合与仓储网络优化，保税仓储业将进入大调整、大整合、大重组时期，资源将集中。
2、保税仓储与国内电商仓储整合后，形成的仓配一体化与城乡共同配送将向深度和广度发展。
3、低温恒温保税仓储与冷链物流系统建设结合，建设针对性适应性强的各种类型的冷链物流网络体系。
4、保税金融与保税仓储保持规范持续发展，货权和交割将是保税仓储业发展的亮点。所以，保税仓储业是资金密集型行业，对中小物流企业是有门槛的。但保税仓储业又是其他的基础，在分拣、控货、金融等环节必须介入的行业。中小物流企业在介入保税仓储业时一定要明确自己的增值业务方向，和明确清晰的发展规化。 物流园区进出口金属制品保税仓储哪家好保税仓储与国内电商仓储整合后，形成的仓配一体化与城乡共同配送将向深度和广度发展。
上海东尔公司保税仓储管理资讯追溯能力体现在，前伸至物流运输与供应商生产出货状况，与供应商生产排配与实际出货状况相衔接。同时，可以与物流商进行ETD/ETA连线追溯，分别是：ETD——离开供应商工厂出货量和离开供应商外包仓库量及第三方物流与第四方物流载具离开出发地的量；ETA——第三方物流与第四方物流载具抵达目的地的量，抵达采购商工厂的量和采购商仓库的量及VMIMin/Max 库存系统连线补货状况。
保税仓库在收货时可采用条码或RFID扫描来确认进料状况，关键点包括：在于供应商送货时，送货资料没有采购VPO号，仓库能及时找相关部门查明原因，确认此货物是否当日此时该收进；在清点物料时如有物料没有达到比较小包装量的散数箱时，开箱仔细清点，确认无误，方才收进；收货扫描确认时，如系统不接授，能及时找相关部门查明原因，确认此货物是否收进。电子产品保税仓储就是使用这种专业的WMS系统进行管理的。
保税仓储的货物是指存放在经过法定程序审批
设立的保税监管场所或者特殊监管区域的保税货物
保税仓库、出口监管仓库、保税物流中心A型、保税物流中心B型，要经过海关审批，并核发批准证书，凭批准证书设立及存放保税货物；保税区、保税物流园区、综合保税区、保税港区、自贸区、自由港要经过国W院审批，凭国W院同意设立的批复设立，并经海关等部门验收合格才能进行保税货物的运作。未经法定程序审批同意设立的任何场所或者区域都不得存放保税货物。
保税货物监管制度具有"设立审批、准入保税、纳税暂缓、监管延伸、运离结关"的特点。凡是进境进入保税监管场所或特殊监管区域的保税货物在进境时都可以暂不办理进口纳税手续，等到运离海关保税监管场所或特殊监管区域时进口至国内时才办理纳税手续，在这一点上，保税仓储监管制度与保税加工监管制度是一致的。
储存于加工贸易保税仓库的保税货物是有储存时间限制的，需要在规定的时间内进行核销，储存于保税区保税仓库的保税货物是没有储存时间限制的，也不需要缴纳海关监管费，当保税货物在发生实际进或出区时才要核销，这种核销是通过金关二期保税仓储系统自动完成的，没有加工贸易核销那么烦琐。 保税仓储货物，享有免证、免税、保税政策，并能实行“境内关外”方式运作。
保税仓储转口货物，是one线进出区转关货物的统称
保税仓储的货物主要是未缴纳进口环节税的保税货物和进入保税仓库找到国内买家后待出库的完税货物。
保税仓储转口，是一种海关监管方式，主要指从境外货物通过国内其他海关口岸转关至保税区仓储的货物和已在保税区仓储一段时间后，将保税区的货物通过国内其他海关口转关报关出境的货物。
保税区仓储转口货物，有从境外转口至保税区仓储的货物，也有从国内出口至保税区仓储并准备出境的货物。海关监管代码为1234，保税区内的仓储货物和转口货物，目前是不需要缴纳海关监管费。
保税区仓储转口货物实际进出境申报时，一般采用进出境报关单方式申报，凭one线进出区核放单进区或出区。
海运拼箱出区的转口货物采用one线进出区核放单加封出区，先运至海关指定监管仓库装箱，再凭集装箱拼箱清单舱单信息、合同发票装箱单、出区核注清单等向海关进行出境报关，货物到达目的地后，保税仓储系统库存数据核销完毕。其他非海运拼箱出境货物，仍然采用先报关后进或出区方式进或出保税区（事前已向海申请先进区后报关的除外）。
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