成都宏基因组测序分析

病毒宏基因组学应用：病毒宏基因组学已经应用到人类、动物和环境中，涉及到农业、工业及畜牧业等各个领域，其应用范围已延伸到海洋、湖水、热泉、下水道等无机环境，以及组织病料、血液、呼吸道、动物排泄物等有机环境。应用病毒宏基因组学的方法研究佛罗里达绿海龟的纤维状瘤组织中发现了单链DNA病毒（Seaturtletornovirus1，STTV1）。分析了来自马里兰淡水湖中的RNA病毒宏基因组，结果获得淡水湖中30多个RNA病毒家族序列，其中包含小RNA病毒、小双股病毒及正黏病毒等。病原微生物二代测序也称宏基因组测序（mNGS）是目前临床上针对病原常用的基因测序方法。成都宏基因组测序分析

病毒宏基因组测序相关知识：在未知传染病的病原体检测方面，传统的体液培养等检测方式整体效率、阳性率低下，PCR检测也局限于已知的病原微生物基因序列，能够准确分析病原体并能够高通量测序的mNGS具有强大的优势。mNGS的这两大优势也令其在这次的病毒检测中发挥出色。宏基因组测序在一年多的时间里也受到了资本市场的普遍关注，病情发生之后，全球宏基因组测序市场又有多家公司在本季度获得投资。全自动设备处理标本，该设备可以从血浆中分离微生物无细胞核酸（mcfDNA），使用特有工艺去除不必要的人类DNA，然后对样本进行测序，并使用机器学习等手段对数十种实时数百万个数据点来识别匹配项。这种核酸是病原微生物在血液中留下的「痕迹」，通过对这些痕迹进行测序，便可以分析出传染的病原情况。该技术可以识别和量化1250种临床相关的病原菌，包括细菌、寄生虫等。郑州宏基因学分析DNA宏基因组测序的病原检出率均高于培养等传统方法，表现出好的诊断性能。

病毒宏基因组测序：在运用宏基因组测序方法检测的样本量位居全球前列，样本总数居国内第二，其中脑脊液检测量位列全球前二强。除了传染病的应用场景之外，利用mNGS还可以对菌群进行菌株鉴定分型、耐药基因与毒力基因的检测，适用于抗传染院内传染管理的评估。在越来越多的证据表明微生物对人体免疫系统能够产生影响，以及微生物菌群会参与到神经退行性疾病、糖尿病等疾病的发生和发展当中，微生物疗法获得了越来越多的关注，而mNGS未来也可以为人们深入分析人体菌群微生态、研究微生物疗法提供一种可靠的技术手段。

目前构建的病毒宏基因组学文库主要有载体克隆文库和基于高通量测序技术的加接头的文库。随着深度测序技术的不断发展，第二代高通量测序技术、第三代单分子测序技术已经普遍地应用于各项研究领域中，以454测序技术和Illumina测序技术为表示的二代测序法得到迅速推广用于构建病毒宏基因组文库，相信将来第三代测序平台如tSMSTM（truesinglemolecularsequeneing）技术平台、SMRT（singlemoleculereal-time）技术平台、FRET测序技术及纳米孔单分子技术为表示的第三代测序法也将应用于构建病毒宏基因组文库。Donaldson等[23]采用高通量测序技术构建了蝙蝠肠道的病毒宏基因组学文库，获得了600000条读长（Reads）的核酸序列。病原微生物二代测序是目前临床上针对病原较常用的基因测序方法。

优化临床制备病毒宏基因组测序所用样本的方法：①介绍高通量病毒宏基因组测序的样本制备步骤，对临床样本的总核酸进行随机扩增；②检测了从血浆样本中富集/扩增DNA及RNA病毒的不同方法，一种包括过滤、核酸酶消化、在不同反应中随机扩增DNA及RNA的步骤是较好的；③随后在包含了不同病毒科的样本中验证此方法，可高读数地检测到大多数病毒序列，且优于现行的其它样本制备方法；④该方法不只适用于血浆样本，还可用于尿液、咽喉拭子等临床样本。探普生物的研发团队都是来自全国各地病毒学、微生物学专业高校的。郑州宏基因学分析

宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。成都宏基因组测序分析

宏病毒组学是宏基因组学的一个分支，但与传统的宏基因组学概念不同，它是在宏基因组学概念的基础上，结合病毒自身的特点，将宏基因组学方法应用到病毒学领域而形成的。2002年，Breitbart等(BreitbartM,etal,2002)将宏基因组学方法应用于海洋病毒群落的研究，发现噬菌体为海水中主要病毒组，这一研究标志着宏病毒组学正式应用于科学研究。简而言之，宏病毒组学就是应用特殊方法把特定环境中所有病毒与其他微生物分开，然后提取的病毒核酸，用高通量技术进行病毒核酸测序，依托现有数据库进行相应的比对工作，并运用软件分析处理后得到研究样品中病毒群落的组成信息。成都宏基因组测序分析

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